Flakstad kirke er første gang nevnt i skriftlige kilder i 1413. Ei kirke på Flakstad ble bygd i 1430. Den ble ødelagt av storm på 1700-tallet. Den nye kirka ble bygd av tømmer fra Russland. Den ble bygd utenpå den gamle kirka. Ei av lysekronene i kirka kommer også fra Russland. Flere av gjenstandene i dagens kirke stammer fra den gamle kirka, deriblant to lysekroner, altertavla og prekestolen.

En orkan blåste tårnet av kirka i 1874. Tårnet ble deretter satt opp i vestenden av kirka. Under restaureringen i 1938 ble tårnet satt tilbake på plass midt over korskrysset i kirketaket.